大洋協會從“十五”啟動了大洋基因資源的研究，于2001年成立了“中國大洋生物基因資源研發基地”。通過十年來的努力，建立了深海環境模擬與微生物培養平臺，獲取了三大洋深海各類生物樣品，分離培養出了包括極端微生物在內的各類微生物5000多株，實現了海洋微生物資源的共享。在此基礎上，開展了極端酶、小分子活性物質、污染物降解、生物催化等方面的應用基礎研究，取得了一批有一定國際影響的研究成果。為加強大洋樣品管理，中國大洋協會同時建立了中國大洋樣品館和中國大洋生物樣品庫，促進了大洋樣品的共享。