環境規則是管理局在其關于《“區域”內多金屬結核探礦和勘探規章》中為自己和海底承包者規定的義務的一個主要部分。為保護和保全海洋環境，管理局有義務制定環境規則、規章和程序。同時，每一承包者應“盡量在合理的可能范圍內，利用其可獲得的最佳技術，采取必要措施防止、減少和控制其’區域’內活動對海洋環境造成的污染和其他危害。”

多金屬結核勘探規章還規定，如承包者活動對海洋環境造成嚴重損害，管理局秘書長可立即采取臨時性措施，以防止、控制和減輕這種損害；理事會接著可發布緊急命令，其中可包括暫停或調整作業的命令。如果承包者不迅速遵從緊急命令，理事會可自行采取或通過他方采取行動。沿海國有理由認為其海洋環境受到威脅的可就此通知秘書長。秘書長應向承包者提供審查證據和提出意見的機會。在發現考古或歷史文物時，承包者應通知秘書長并采取一切合理措施避免擾動文物。

管理局通過多金屬結核勘探規章，建立了監測和保護“區域”內海洋環境的綜合法律制度。2001年，根據有關研討會提供的資料，法律技術委員會核可了指導承包者評估多金屬結核勘探活動對環境造成的影響的建議。管理局并通過研討會，制定環境標準，在規范承包者收集具有國際可比性的環境資料時應當遵守的具體程序及技術方面提出了要求。

管理局目前已著手考慮其他兩類資源，即多金屬硫化物和富鈷結殼的探礦和勘探規章。這兩類資源的勘探可能引起不同、甚至更嚴重的環境問題。