1、利用不同的培養基和不同的富集方法分離獲得硫氧化細菌、鐵還原細菌、硫酸鹽還原菌、真菌、放線菌901株，鑒定發表16株細菌新種。對100多株初選菌株進行了液體發酵，篩選到15株高效抑制黃曲霉毒素產生的菌株。開展產油真菌篩選，獲得60株產油真菌。

2、調查和分析了西南印度洋及西北印度洋39個樣品的微生物群落結構多樣性及其與環境因子相關性。初步解析鐵還原菌Kocuria sp. FXJ8.057三價鐵還原機理；完善了微生物單細胞基因組微體積擴增和分析平臺。

3、在大洋32航次開展現場微生物分樣和培養實驗,獲得9個未培養微生物的基因組片段。分離結核結殼區微生物800余株，發現并發表15個微生物新種。測序獲得3個基因組完成圖。

4、從西南印度洋熱液口多金屬硫化物中分離嗜熱噬菌體，提取并擴增噬菌體基因組，進行宏基因組測序。

5、建立了基于發酵條件優化與色譜和波譜為導向的深海微生物菌株的培養方法；建立了發酵物的快速前處理與代謝產物的快速萃取技術。完成了100株海洋微生物代謝產物指紋圖譜的分析、300株微生物餾分制備、500株微生物培養物的HPLC-DVD分子指紋圖。對20株微生物進行系統的化學成分研究,分離并鑒定了114種特殊結構的深海天然產物的結構,其中70種為新穎結構化合物.

6、完成了對800多株海洋微生物代謝產物的分析整理工作，并逐步建立線上多方共享的深海細菌化學指紋圖譜數據庫平臺。發現7株活性菌株，從中分離到具有生物活性的新化合物24個。

7、克隆了21個編碼潛在藥物靶點的基因至哺乳類細胞表達及果蠅與斑馬魚轉基因載體。

8、從來源于不同海域（印度洋、大西洋、南海）不同生境環境（海水、沉積物）樣品中分離出300余株深海微生物菌株。

9、構建了2個深海沉積物宏基因組文庫。

10、從大西洋等不同海域樣品中分離得到7個海洋細菌新種（屬），完成了系統鑒定工作；基于基因組信息提出了劃分微生物屬的界限標準。

11、從大洋樣品中分離、純化、產電微生物，研究其形態特征、生理生化特征并進行鑒定；采用不同的電子供體，考察特異性菌株或菌群脫氯、脫硝、脫鈾行為；考察底物濃度及對產電微生物的代謝行為的影響，考察微生物燃料電池運行穩定性。